＜概　要＞森吉山の特徴は、植物の垂直分布の変化を一望に観察できることである。外輪山の一ノ腰や前岳、ヒバクラ岳やカンバ森に立って眺めると、なだらかな山裾から山頂にむかって、ブナ林、ダケカンバ林、オオシラビソ林、山頂部のかん木林へと、森林が移り変わっていく様や、風雪の厳しい尾根筋の植生、林間に点在する雪田の様子などがよく観察できる。
　森吉山には、約300種植物が産し、タカネヒカゲノカズラ、ミヤマシシガシラ、ホソバノキソチドリ、チシマゼキショウ、ミツバノバイカオウレン、イワキンバイ、ネモトシャクナゲ、ヒメウスノキ、オオバツツジ、ヒナザクラ、ハクサンオオバコ、クロミノウグイスカズラ、ウゴアザミ、ミミコウモリ、キャラボク、コメツガなど注目すべき種類も多い。また、ブナ林やオオシラビソ林は自然度が高く、日本の重要な植物群落の一つに選ばれている。
　森吉山も拡大造林計画や開発によって、多くのブナ林が伐採されたが、山体や山麓の奥森吉から奥阿仁にかけては、日本の夏緑落葉紅葉樹林の代表的な植生を観察することができる点で極めて貴重である。
＜オオシラビソ林と雪田を飾る＞ 一ノ腰付近にはコメツガの群生地がある。数本のコメツガが群生した植生が一帯を取り巻いており、特に厳冬期の樹氷群は、オオシラビソの樹氷群とは一味違った造型をみせてくれる。倒れて苔むした古木には、オオシラビソの稚樹が幾本も芽生えているタケシマラン、ツバメオモト、コガネイチゴ、イワナシ、ツルアリドウシ、ゴゼンタチバナ、ツマトリソウなど林床の植物が豊富である。
　代表的なお花畑（雪田）は、前岳〜石森にかけての雪田、山頂部西斜面の稚児平と東斜面の鶴ガ岱、山人平やヒバクラ岳一帯の湿原と雪田帯である。いずれも雪解けと共に、ミズバショウ、ヒナザクラ、ショウジョウバカマ、チングルマ、イワカガミ、ミツバオウレン、バイカオウレン、イワイチョウ、アカモノ、ハクサンチドリ、トンボソウ、ウラジロヨウラクなどが咲き誇る。
　また、初夏〜盛夏に掛けてはニッコウキスゲ、ハクサンシャクナゲ、コバイケイソウ、マルバシモツケなどが、秋に掛けてはキンコウカ、タカネツリガネニンジン、リンドウ、アキノキリンソウ、タチギボウシ、ハクサンボウフウ等などガ雪田を彩る。
山頂部の岩上の割れ目や礫地には、コケモモ、アオノツガザクラ、コメバツガザクラ、ガンコウラン、イワキンバイなどが可憐な花を咲かせている。

　森吉山には多種多様な動物が生息している。無脊椎動物では、節足動物の昆虫類だけでも蝶類約40種、蛾類約480種、脊椎動物では繁殖の確認されている哺乳類が約20種、鳥類が約80種である。その他の動物を加えるとここでは記載できないほどになるので、ここでは、哺乳類と鳥類の概要をのべ森吉山動物相の紹介としたい。